Jiro adında genç bir çocuk, evinde annesi ve kız kardeşinin öldürüldüğünü bulur. Yanlışlıkla suçlanan adam, köyünden kaçar ve Tarouza adında haydut bir ninjayı öldürmesini sağlayan Tenkai adında bir rahiple tanışır. Bu görevi yerine getirdikten sonra Jiro, usta bir suikastçı olmak için eğitime tabi tutulur. Yıllar sonra Jiro, kendisinin bir yetim olduğunu ve gerçek babasının, bir Ainu kadına aşık olunca görevini bırakana kadar Tenkai için çalışan Tarouza olduğunu öğrenir. Genç ninja, Shogunate'nin Kaptan Kidd'in kayıp hazinesini geri alacağını ve bunu Japonya'yı bir kez daha dünyanın geri kalanından izole etmek için kullanacağını keşfeder. Tarouza'nın sır olarak sakladığı ipuçlarını kullanan Jiro, dişi ninja Oyuki ve Sam adında bir köleyle birlikte, Tenkai'den intikam almak için kullanma umuduyla hazineyi aramak üzere Rusya ve Amerika'ya gider.